答：纳税人申请退税时，须将代开发票全部联次追回并交由机构所在地主管税务机关处理。退回的处理分以下两种情况：
一、纳税人在当期内未办理当期增值税申报的情况下，追回代开发票全部联次申请退税的(假设2013年10月份申请代开发票A，2013年11月份追回代开发票A全部联次)，在办理当期申报以前，纳税人可以对预缴税款申请误收退税;也可以在申报时的从当期销售额中扣减该笔销售额，若季申报销售额不超过6万的，免征增值税，预缴税款转为应退税税款，纳税人可以申请办理汇算、结算退税。
二、纳税人跨季的情况下追回往期代开发票全部联次申请退税的(假设2013年10月份申请代开发票B，2014年1月份追回代开发票B全部联次)，退回的发票销售额作为负数冲减本期销售额，如结算后仍有应退税款，纳税人可以申请办理汇算、结算退税。
